中法战争结束后，清廷意识到台湾的战略重要性。当时，法军除了入侵越南，还试图扩展到台湾，但遭到淮军名将刘铭传的击退。为加强台湾的防守，清廷决定将台湾升格为行省，并派遣黑旗军驻守在台湾与大陆之间的南澳和石褐地区，作为台湾的后盾。1894年，甲午战争爆发，清军在海陆战场上遭遇了惨败。刘永福接到命令，于当年7月26日率黑旗军渡海，开始保卫台湾。1895年4月，李鸿章在日本马关签订了《马关条约》，将台湾割让给日本。消息传到台湾，全岛爆发了愤怒的抗议，台湾人民一致推举唐景崧和刘永福领导抗日保台。 据《台湾战记》记载：刘永福守台南，尤民望所归。自安平至旗后各港，重重布置，百姓咸恃以无恐。 随后，黑旗军与台湾义军联手米乐M6(MiLe)亚洲官方网站- 赔率最高在线投注平台，进行了长达半年的激烈战斗，打死打伤日军三万余人，远超甲午战争中日军的总伤亡人数。10月，日军再次从国内调集了五万大军和三十多艘战舰，发动了对台湾的进攻。在日军绝对兵力的优势下，黑旗军和台湾义军最终力不从心，未能抵挡住强敌。 刘永福侥幸逃回大陆。时人曾作诗云：孤城无援计终尽，拨队归来气亦雄。黑旗军的将领徐骥、柏正才、林义成等人在战斗中英勇阵亡，王德林和简精华成功突围，但下落不明，黑旗军最终全军覆没。时人又作诗感叹：难呜孤掌忿，风雨吊台南。

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